当局は捜査を開始したが、事件の状況、特に２機がどのようにして同じ滑走路に落ちたのかについては不透明なままだ。

しかし、当局が公表した交通管制指示の記録によると、日本航空機は着陸を許可されたが、海上保安庁機は滑走路近くの待機地点まで地上走行するよう命令されていたことが示されているようだ。

日本の民間航空局の関係者は記者団に対し、これらの記録には海上保安庁機が離陸の許可を得ていたことを示すものはなかったと語った。

沿岸警備隊関係者によると、沿岸警備隊機の機​​長は許可を得てから滑走路に入ったと述べたが、記録にはそうする許可があったことを示すものはなかったと認めた。

斉藤鉄夫運輸相は記者団に対し、「運輸省は客観的な文書を送付しており、捜査に全面的に協力し、再発防止に向けて協力し、可能な限りの安全対策を講じる」と述べた。

関係者らによると、日本の運輸安全委員会は、エアバス機が製造されたフランスとロールスロイスのエンジンが製造された英国の機関の協力を得て、この事件を調査している。